建元二年(公元344年)九月康帝病重时,庾冰、瘐翼兄弟打算以元帝司马睿的小儿子司马昱继承帝位。但中书监何充建议立康帝之子司马聃。康帝自然愿意,遂立司马聃为皇太子。过了两天,康帝死去。何充遂根据遗诏奉年仅两岁的司马聃即位,为穆帝,由皇太后临朝摄政。

永和元年(公元345年)正月,皇太后在太极殿幕帷后,怀抱两岁的小皇帝,举行登基盛典,并宣布改元。四月,朝廷以会稽王司马昱为抚军大将军,参与大政。

同年七月,庾翼未及北伐便得病死去。朝臣们商量后认为,诸庾连续几代镇守西藩,人心安定,应照庾翼的心愿,以其子庾爰之接替父任。但何充反对说:“荆楚之地,是国家的西部门户。户口百万,地势险要,关系国家安危。让庾爰之这样的白面少年去镇守,令人担忧。”他提议:“惟有徐州刺史桓温有文武才干,英略过人,可当重任。”

丹杨尹刘惔深知桓温既有才干,又有野心,对司马昱说:“不但不可使桓温占有险要形胜之地,还要时常抑制其权势,方可保国家社稷安而不危。”劝司马昱亲自镇守上流,遭司马昱拒绝。他又请求自去镇守武昌,司马昱还是不同意。八月,朝廷终于以桓温为安西将军、持节、都督荆司雍益梁宁六州诸军事、荆州刺史,居于东晋的长江上流重地,权重无比。

桓温娶明帝之女南康公主为妻,为东晋姻亲。此人既有雄才,又有野心。他有意于收复失地,想借北伐建功立业,提高声威,继而代晋称帝。这时,占据蜀地的李氏成汉政权日趋衰乱。桓温把握了战机,欲一举灭蜀。朝廷大臣们认为蜀道险远,桓温兵少而深入,难以取胜。刘惔却说:“桓温善于赌博。如果没有把握,他是不会下大赌注的。看来必可灭蜀。但灭蜀之后,他就要专制朝廷了!”

桓温于永和二年(公元346年)十一月,率益州刺史周抚、南郡太守司马无忌等挥兵伐成汉。他沿长江直上,亲率步卒,仅带三日粮,直指成都。成汉国主李势战败投降。朝廷加封桓温征西大将军、开府仪同三司。桓温灭蜀,名声大振,朝廷忌惮,会稽王司马昱遂用享有盛名的扬州刺史殷浩参执朝政,以对抗桓温。此时,占有中原大部地区的石赵政权内部发生剧变。永和五年(公元349年)年底,石虎养孙、汉人冉闵杀死赵主石鉴,尽灭石氏,诛杀胡羯20余万人。次年五月,冉闵自称皇帝,建国号魏,遣使告知东晋政府;“胡逆扰乱中原,现已尽力诛之。请派遣军队来,共同扫除胡逆。”东晋朝廷因他称帝而置之不理。鲜卑慕容氏自辽西汹汹而来,集中兵力进攻冉闵。东晋坐视不救。永和八年(公元352年)冉魏被慕容氏所灭。

在冉魏请求支援时,桓温想乘此机会北伐,几次上表,但朝廷恐其成功,扩大权威,无法控制,遂故意拖延,搁置不议。直至永和十年(公元354年)二月,在外戚褚兖和扬州刺史殷浩先后北伐失败后,东晋政权才不得不同意由桓温率军北伐。桓温统率步骑四万,自江陵出发,进攻关中。在蓝田大败前秦兵,进至长安近郊的灞上。三辅郡县纷纷来降,百姓带着酒食前来慰劳,夹道迎接东晋官军。有的老年人激动地流着眼泪道:“想不到今日能再见到官军。”但桓温北伐只是为了提高自己的声威,并无破釜沉舟的决心,所带军粮又不足,本指望就地割麦为粮,不料前秦国主苻健坚壁清野,晋军乏食。六月,桓温遂迁徙关中3000余户百姓,率军而归。

永和十二年(公元356年)三月,羌族酋长姚襄入据许昌,然后进攻洛阳。桓温再次从江陵北伐。八月,击溃姚襄,收复洛阳。桓温多次建议移都洛阳。但偏安江南一隅的东晋朝廷无志于北还,只得作罢。

第二年(公元357年)正月,15岁的穆帝名义上开始亲政,改元升平。但这时的穆帝,仍是未经世事的少年,并不能主持国家大政。实权依然操控在桓温手中。

随着年龄渐渐长大,穆帝开始懂事。然而,奢糜的宫廷生活却使得这个年轻皇帝身体虚弱,经常闹病,因此始终未能在治国理政上有丝毫建树。升平五年(公元361年)五月,19岁的穆帝再次得病,不久死去,葬于永平陵,庙号“孝宗”。

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