噶尔丹并没有强迫伊斯兰教徒们改变自己的信仰,他需要的是一个服从于自己为自己提供军需物资的稳定领地。他扶持伊斯玛依勒汗的侄子阿卜杜·里什特为傀儡可汗,同时封伊达耶提拉为“阿巴克”,也就是“首领”,但伊达耶提拉却把蒙语“阿巴克”改成了波斯语“阿帕克”,就成了“宇宙”的意思。从此,阿帕克和卓便成了天山南麓的实际统治者,每年向准噶尔汗国缴纳十万两白银和24万斤麦子的贡赋。

阿帕克和卓横征暴敛的统治了十年,其间更换了两个可汗,在他死后不到八个月,儿子雅雅和卓便被杀。白山派的统治结束,和卓家族被准噶尔人囚禁于伊犁。他们的死对头黑山派在准噶尔人扶持下掌握大权。

17世纪末,再没有傀儡叶尔羌汗出现,汗国的尾声也结束了。

1755年,清朝乾隆皇帝派遣大军攻伐准噶尔末代汗王达瓦奇,准噶尔汗国崩溃。白山派和卓波罗尼、霍集占兄弟趁机摆脱囚禁,归附清朝。

在清朝的支持下,波罗尼攻占叶尔羌等地,黑山派和卓加罕及其家属全部被杀,仅有其弟弟阿卜杜拉和两个儿子逃亡。

但清朝是不会再允许独立的宗教政权出现在天山以南的。波罗尼、霍集占兄弟于是于1757年公开起兵反清,史称“大小和卓之乱”。

1759年,兄弟二人最终失败,天山南北全部划为清朝版图。

1820年,波罗尼之孙张格尔由浩罕汗国进入新疆,拉开“张格尔之乱”序幕,直到1826年方才以张格尔被擒而告结束。

1865年,波罗尼曾孙布素鲁克在浩罕汗国阿古柏的护卫下回到新疆,成为“哲德沙尔汗国”的傀儡可汗,后在图谋独立失败后被驱逐出境。

随后,阿古柏在新疆建立了“洪福汗国”,与俄、英、中等国周旋十余年,最后被中国名将左宗棠击败。

但这一切,都不再与“和卓”有任何关系了。

叶尔羌汗国灭亡185年后,准噶尔汗国灭亡110年后,和卓们续写的故事也到了尽头。

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